شرکت هواپیمایی زاگرس در سال 1384 با ثبت در منطقه آزاد اروند و با ورود دو فروند هواپیمای توپولوف فعالیت خود را آغاز کرد و در سال 1386 دو فروند هواپیمای بویینگ MD به ناوگان خود اضافه کرد. اولین پرواز بینالمللی زاگرس در سال 1387 با پرواز در مسیر تهران – دمشق انجام شد. در حال حاضر این شرکت یکی از هواپیماهای خود با ریجیستر EP-ZAD را از خط پرواز خارج نموده و از قطعات آن برای سایر هواپیماهای MD استفاده مینماید.[نیازمند منبع] در حال حاضر این شرکت دارای 15 فروند هواپیما، شامل 5 فروند ایرباس A320 و 10 فروند بوئینگ MD است.